Die Niederlage der arabischen Streitkräfte im Sechs-Tage-Krieg änderte dies grundlegend. Innerhalb der PLO vollzog sich ein Machtwechsel. Nun wurden die Widerstandsbewegungen - neben Fatah, als stärkster Fraktion, die aus dem BdAN hervorgegangene "Volksfront zur Befreiung Palästinas" (PFLP, George Habash), die von ihr abgespaltene "Demokratische Front" (DPFLP, Naif Hawatmeh), Saiqa (syrisch) und die Arabische Befreiungsfront (irakisch) innerhalb der PLO tonangebend. Im Juli 1968 beschloß der Palästinensische Nationalrat die Änderung der PLO-Charta und die Aufnahme des bewaffneten Kampfes bis zur Befreiung Gesamtpalästinas. Zudem gründete die PLO eine Vielzahl von Organisationen, die die grundlegende medizinische und schulische Versorgung des palästinensischen Volkes zu sichern versuchten und schuf quasi-Regierungsstrukturen, die sich mit den Bereichen internationale Beziehungen, internationale Sicherheit, militärische Operationen, Finanzen, Information, etc. befaßten. Rund ein Jahr später, im Februar 1969, wurde Yassir Arafat zum Vorsitzenden des Nationalrates und des Exekutivkomitees gewählt. Mit dem Wandel der PLO zu einer revolutionären, ausschließlich die palästinensischen Interessen verfolgenden Befreiungsorganisation gewann das palästinensische Volk nicht nur seine Stimme, seinen Mut und seine Würde zurück, sondern auch eine nationale Identität im Kampf um die Befreiung Palästinas.

Wenige Jahre später, Anfang Juni 1974, verabschiedete der Palästinensische Nationalrat auf seiner 12. Sitzung das "10-Punkte-Programm", welches zentrale Bedeutung besitzt, da es die Etablierung einer staatlichen Autorität auf jedem Stück befreiten Bodens fordert und die Abkehr von der Befreiung Gesamtpalästinas impliziert. Am 14. Oktober des gleichen Jahres wurde die PLO von der Generalversammlung der Vereinten Nationen als alleinige Vertreterin des palästinensischen Volkes anerkannt (Resolution 3210), das Recht der Palästinenser auf Selbstbestimmung und nationale Unabhängigkeit wurde betont (Res. 3236) und die PLO erhielt Beobachterstatus bei den Vereinten Nationen (Res. 3237). Einen Monat zuvor hatte die Arabische Liga auf ihrer Konferenz von Rabat die PLO als einzige legitime Vertreterin des palästinensischen Volkes anerkannt. Seit diesem Zeitpunkt verfolgte die PLO zur Erreichung ihres Zieles verstärkt politische und diplomatische Strategien, wenn auch dem bewaffneten Kampf erst mit Beginn des Friedensprozesses eine Absage erteilt wurde.

Am 31. Juli 1988 gab König Hussein von Jordanien in einer Fernsehansprache seinen seit Beginn der 50er Jahre erhobenen Souveränitätsanspruch über die Westbank und Ostjerusalem auf (Fakk al-Irtibat). Wenige Tage später schon erklärte die PLO, daß sie die Verantwortung für die besetzten palästinensischen Gebiete übernehmen werde. Schließlich proklamierte der Palästinensische Nationalrat auf seiner 19. Sitzungsperiode am 15. November in Algier den unabhängigen Staat Palästina mit Jerusalem als Hauptstadt. Darüber hinaus erkannte der Nationalrat den UN-Teilungsplan von 1947 (Res. 181) an, erteilte dem Terrorismus eine Absage und erklärte sich zur Aufnahme von direkten Verhandlungen mit Israel auf Grundlage der Resolutionen 242 und 338 bereit. Damit erfolgte von seiten der PLO schon fünf Jahre vor dem in aller Welt gefeierten "Gaza-Jericho-Abkommen" eine Anerkennung des Existenzrechtes Israels und die Zusage zu einer Zwei-Staaten-Lösung. Während eine überwältigende Anzahl von Ländern den Staat Palästina anerkannte, war Israel weiterhin nicht in der Lage, einen mutigen Schritt zu wagen und einen unabhängigen Staat Palästina zu akzeptieren.

Mit Beginn des Friedensprozesses 1993 vollzog sich ein Wandel innerhalb der PLO. Teile der Organisation gingen in den neu gegründeten Ministerien der palästinensischen Regierung auf. Auch wurden viele Angehörige der Befreiungsarmeen in den Polizeidienst der palästinensischen Regierung übernommen. Im April 1996 beschloß der Zentralrat eine Änderung der Nationalcharta. Alle Passagen, die das Existenzrecht Israels in Frage stellten, wurden gestrichen. Zwei Jahre später erfuhr die PLO auf Grundlage der Resolution 52/250 vom 7. Juli 1998 eine Aufwertung ihres Beobachterstatus bei den Vereinten Nationen. Der Ständige Vertreter Palästinas erhielt nun das Recht, auf Generaldebatten und Plenarsitzungen der Generalversammlung Redebeiträge einzubringen, Antworten zu geben, Tagesordnungspunkte bei für Palästina relevanten Sitzungen einzubringen und an Resolutionsentwürfen mitzuwirken.