Mit Ausbruch der Intifada erreichte die Verhaftungswelle ihren Höhepunkt. Alleine zwischen Dezember 1987 und Mai 1988 wurden 17 000 Palästinenser inhaftiert. Die meisten Verhafteten waren zwischen 15 und 35 Jahre alt, doch gab es auch Internierungslager für 9 - 16jährige Kinder. Das Mindestalter für eine sechsmonatige Haft betrug 12 Jahre.

In den seit 1993 unterzeichneten Verträgen verpflichtete sich Israel immer wieder, palästinensische Gefangene freizulassen. Im Oktober 1993 kamen denn auch 660 Inhaftierte frei. Alle hatten den Großteil ihrer Haftstrafen schon verbüßt, manche wären ohnehin innerhalb der nächsten ein oder zwei Monate freigelassen worden. Wenige Monate später entließ die israelische Regierung unter dem Eindruck des Hebron-Massakers ca. 900 Gefangene. Diese hatten auch hier nur noch eine kurze Haftzeit zu verbüßen. Insgesamt 5 000 Häftlinge sollten gemäß des Gaza-Jericho-Abkommens entlassen werden. Die israelische Regierung verknüpfte ihre Freilassung mit Bedingungen, wie z.B. die Nichtverfolgung von Kollaborateuren durch die palästinensische Polizei, und hob nur für einen Bruchteil der vorgesehenen Anzahl die Gefängnisstrafen auf. Schließlich steht seit fast einem Jahr die Freilassung von über 500 palästinensischen Gefangenen aus, zu der sich Israel im Wye-Abkommen verpflichtet hat.

Um palästinensische Führungspersönlichkeiten, Intellektuelle und politische Aktivisten mundtot zu machen, greifen die israelischen Behörden nach wie vor auf die sog. Verwaltungs- oder Administrativhaft (administrative detention) zurück. Dabei handelt es sich um eine Haft ohne Anklage oder Gerichtsverfahren, die auf dem Verwaltungsweg angeordnet wird. Administrativhaft kann für einen Zeitraum von bis zu einem Jahr angeordnet, jedoch anschließend beliebig oft verlängert werden. Wird ein Zeitraum von sechs Monaten angesetzt, so kann es zu Verlängerungen kommen, ohne daß der Inhaftierte Anrecht auf eine Anhörung hat. Oft passiet es, daß Häftlinge ohne ihr Wissen, nach Israel verlegt werden. Dies macht den Kontakt zur Außenwelt, zur Familie und zu Anwälten, wenn er denn überhaupt besteht, so gut wie unmöglich.

Seit 1993 hat sich die durchschnittliche Dauer der Verwaltungshaft deutlich verlängert. Als extremster Fall wurde Ahmed Qattemesh bekannt, der über 4 ½ Jahre in Administrativhaft saß; er ist inzwischen freigelassen worden. Von den über 500 Palästinensern in israelischer Verwaltungshaft, die LAW in ihrem Bericht nennt, sitzen 130 seit über einem, 58 seit über zwei und 13 seit über drei Jahren in Haft. Laut des Berichts von B'Tselem saßen zwischen September 1993 und März 1997 etwa 800 Palästinenser in Verwaltungshaft; LAW zufolge waren es in den fünf Jahren zwischen September 1993 und 1998 etwa 880 Häftlinge. Die UN Menschenrechtskommission meldet wiederholt Bedenken wegen der Ausmaße der Administrativhaft an, weil mit ihr der reguläre Rechtsweg umgangen wird. Während in allen Fällen der Verwaltungshaft von israelischer Seite geheimes Beweismaterial vorgeschützt wird, gilt die Verwaltungshaft bei Menschenrechtsorganisationen als Strafalternative, da es für ein normales Verfahren an Beweismaterial mangelt. Die israelischen Sicherheitsbehörden nennen häufig Sicherheitsbedenken als Haftgrund, tatsächlich handelt es sich hierbei um einen Verstoß gegen das Recht auf Meinungs- und auf Redefreiheit.

Die Vierte Genfer Konfention erklärt in Artikel 49 Abs. 1, daß "Einzel- oder Massenzwangsverschickungen sowie Verschleppungen von geschützten Personen aus besetztem Gebiet nach dem Gebiet der Besatzungsmacht oder dem irgendeines anderen besetzten oder unbesetzten Staates ohne Rücksicht auf deren Beweggrund untersagt (sind)". Nichts desto trotz hat die israelische Besatzungmacht bis 1993 in mehreren Tausend Fällen unter Bezug auf die britische Notstandsgesetzgebung palästinensische Intellektuelle und politische Aktivisten deportiert und in vielen richterlichen Entscheidungen das ausdrückliche Verbot in eine Erlaubnis umgewandelt. Einsprüche der Betroffenen bei einer militärischen Kommission blieben ergebnislos. Nur im Falle des Bürgermeisters von Nablus, Bassam Schaka, wurde der Deportationsbescheid aufgehoben.